O Colégio Gregor Mendel fundamenta sua proposta em princípios humanistas que visam assegurar o verdadeiro sentido da educação: a promoção do ser humano. Nesta concepção integradora de educação, busca conjugar experiência de aprendizagem com o desenvolvimento da sensibilidade social, indispensáveis à formação de pessoas reflexivas, responsáveis, autônomas, competentes, criativas, solidárias e capazes de estarem no mundo de forma consciente, compreendendo-o e transformando-o.
Nosso projeto pedagógico fundamenta-se na perspectiva sociointeracionista, que possibilita o desenvolvimento de uma proposta metodológica participativa em que estudantes e educadores são sujeitos do processo e o saber é construído através do diálogo, da pesquisa, da argumentação, do raciocínio lógico, do sentimento, da troca de experiências, conduzindo o educando ao aprimoramento das habilidades, competências e aprofundamento dos conhecimentos adquiridos.
A qualidade do trabalho desenvolvido no Colégio Gregor Mendel ao longo dos 27 anos de existência é um reflexo do investimento em profissionais especializados, na reflexão e adaptações pedagógicas à realidade contemporânea, no criterioso trabalho de planejamento e na valorização de princípios éticos e científicos que promovem o desenvolvimento do ser humano.